«Многофакторный» подход как союз «фенотипического» и «генотипического» подходов

Ценность «фенотипического» подхода заключается в том, что основанная на нем таксономическая система традиционна, и ей удобно пользоваться. Кроме того, он учитывает информацию о биологии объекта, а не только о «сиквенсах».

В то же время недостатком этого подхода является отсутствие объективного критерия для оценки эволюционных связей. Он не допускает «парадоксальности», несмотря на то, что это объективное свойство мира прокариотов. Наконец, при нем выстраивается произвольная иерархия критериев — начиная с второстепенных и заканчивая ведущими.

В свою очередь, ценность «генотипического» подхода заключается в его объективности. Недостаток этого подхода заключается в том, что филогенетическая систематика нетрадиционна, и ей неудобно пользоваться; кроме того, она не дает информации о биологических свойствах объекта.

Примирить эти подходы, используя все ценное, что они содержат, позволяет «многофакторная» таксономия (англ, polyphasic taxonomy). Наряду с фенотипическими признаками она учитывает генотипические признаки, в первую очередь первичную структуру рРНК.

Собственно говоря, новое издание «Руководства Берги по систематике бактерий» (2001 г.) и не порывает с традиционной фенотипической системой, хотя порой союз двух подходов принимает причудливую форму. Примером служит систематика цианобактерий — фила Cyanobacteria обособлена на основе универсального филогенетического критерия, или первичной структуры рРНК, а группы внутри нее обособляются исключительно на морфологической основе.

Вид у прокариотов

Одна из труднейших проблем систематики прокариотов связана с тем, как дать определение вида, а также установить, где лежат границы между разными видами.

Согласно определению американского зоолога Эрнста Майра, у высших эукариотов, размножающихся половым путем, вид представляет собой систему репродуктивно изолированных инбредных популяций, находящихся в замкнутом ареале.