Преемственность между прокариотами и ядерными клетками

Домены Bacteria и Archaea состоят из ветвей, соответствующих филогенетическим таксонам — «филам» (греч. phyle — племя). Среди прокариотных фил есть не только фенотипически охарактеризованные, но и «фантомные» филы. Последние обособлены на основе прямого анализа генных структур, при полном отсутствии информации о фенотипических признаках соответствующих живых объектов.

Способ выявления фантомных фил основан на скрининге как традиционных, так и «экзотических» ниш с помощью PCR-реакции. Как уже отмечалось, из водных, почвенных и других образцов извлекают микро количества «природной» ДНК (англ, natural DNA). Затем ее участки амплифицируют и секвенируют полученные амплификоны. В результате поисков, которые целенаправленно ведутся в последние годы, число фантомных фил бактерий постоянно растет, и прогнозы, сколько их, в конце концов, окажется, преждевременны.

Современная мегаклассификация прокариотных организмов — бактерий и архей —основана на филогении. Во 2-м издании «Руководства Берги по систематике бактерий» (2001 г.) в составе домена Bacteria выделяют 23 филы BI-BXXIII (сокр. от Bacteria), каждой из которых соответствует таксономическая группа в ранге отдела. В свою очередь, в составе домена Archaea выделяют филы AI и АП (сокр. от Archaea).

Установлено, что рРНК бактерий только на 10% гомологична рРНК цитоплазматических рибосом ядерных организмов. В то же время она высоко гомологична рРНК митохондрий, рРНК хлоропластов зеленых водорослей (Chlorophyceae) и высших растений, а также рРНК пластид красных водорослей (Rhodophyceae). Это служит одним из основных доказательств эндосимбиотической природы этих органелл. Митохондрии относятся к филе BXII Proteobacteria (класс «Alphaproteobacteria»), а пластиды Chlorophyceae, высших растений и Rhodophyceae — к филе ВХ Cyanobacteria.

Таким образом, доказано, что эволюционная преемственность между прокариотами и ядерными клетками существует на самом деле. Однако это касается не всей ядерной клетки, а только ее частей — эндосимбиотических органелл.