Семантиды

Основные требования к семантиде определяются характером задачи и способом ее решения. В зависимости от круга объектов, можно использовать разные типы семантид. Первое место занимают архаические, повсеместно распространенные семантиды. Более ограниченное применение имеют семантиды, поздно приобретенные в ходе эволюции.

Наконец, информационная емкость семантиды, которая грубо оценивается величиной молекулярной массы, должна быть достаточно большой (иначе эффект случайной позиционной замены окажется слишком выраженным) и одновременно с этим — умеренной (чтобы не создавать технических проблем при дешифровке).

В качестве семантид первоначально анализировали белки и полипептиды, поскольку молекулярная биология в 1960-е годы опиралась главным образом на достижения химии белка. Выбор материала для оценки молекулярной гомологии был неслучайным. В первую очередь, секвениро-вали цитохромы — редокс-ферменты, играющие ключевую роль в энергетическом метаболизме и практически универсальные.

С развитием молекулярной биологии нуклеиновых кислот полипептиды стали реже использовать в качестве семантид. Среди исключений можно назвать субъединицы Н+-транспонирующих АТФаз, ферредоксины, фактор рекомбинации RecA и молекулярные шапероны.

Сравнительные результаты, полученные при секвенировании белков, нашли применение в частной классификации бактерий, однако не оказали заметного влияния на мегасистематику.