2-е издание «Руководства Берги по систематике бактерий»

Принципиально переработанное 2-е издание «Руководства Берги по систематике бактерий» запланировано как пятитомник. Оно основано на иной концепции мегатаксонов. Прокариоты подразделяются на филогенетические «домены» бактерий и архей. Домены, в свою очередь, состоят из «фил». Главным критерием различия доменов и интрадоменных фил служат не фенотипические признаки, а дивергенция нуклеотидных последовательностей генов рРНК.

Достоинство такой системы состоит в том, что она объективна, поскольку отражает эволюционные связи.

Однако родословная классификация не совпадает с практически удобной фенотипической классификацией. Многие филы представляют собой набор контрастных форм, в то же время сходные формы иногда оказываются в составе разных фил.

Хотя современная классификация бактерий все сильнее опирается на данные геномного анализа, классификация на уровне низших таксонов и, прежде всего, на уровне вида основана на компромиссном подходе. Он называется «многофакторным», или «полифазным» (англ, polyphasic).

При его использовании учитываются разнообразные фенотипические признаки, а также информационные признаки генотипа, среди которых ведущее место отводится первичной структуре 16S рРНК.