Первые микроскопические наблюдения бактерий

В начале XX в. от общей экологии бактерий отделились самостоятельные дисциплины — почвенная микробиология, водная микробиология и геомикробиология.

Первые микроскопические наблюдения бактериальных пейзажей в почвенных образцах, отобранных в разных регионах Земного шара, провел в начале 1920-х годов С. Н. Виноградский на биостанции Бри-Конт-Робер (Brie-Comte-Robert) под Парижем. Полученные результаты позволили ему создать концепцию об автохтонных и аллохтонных видах как двух основных группах бактерий в почвенных экосистемах.

«Автохтонными» называют бактерии, характерные для почвы конкретного типа (греч. avtos — сам и chthon — земля; «живущий на своей земле»). Они имеют невысокую, относительно стабильную численность и используют труднометаболизируемые почвенные субстраты, прежде всего гумус. Это понятие можно использовать и по отношению к нормальной микрофлоре покровов животных и нормальным эпифитам растений.

В свою очередь, «аллохтонными» названы бактерии, случайно заселяющие почву конкретного типа (греч. alios — чужой и chthon — земля; «живущий на чужой земле»). Их также называют «зимогенными» (греч. zyme — закваска и genea — рождение; «образующий ферменты»), поскольку они накапливаются при эпизодическом попадании в почву легкометаболизируемых субстратов.

Важную роль в изучении биоразнообразия почвенных бактерий сыграл метод «стекол обрастания», предложенный Н. Н. Холодным в 1930 г., и капиллярный метод, разработанный в 1961 г. Б. В. Перфильевым и Д. Р. Габе. Выдающиеся представители российской школы почвенной микробиологии Д. Г. Звягинцев, Н. А. Красильников, Е. Н. Мишустин и Г. А. Надсон, а также их зарубежные коллеги, в первую очередь Зелман Ваксман и Лочхед (A. G. Lochhead) внесли основной вклад в изучение экологии почвенных микроорганизмов.